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学生コラム「ISTラウンジ」

本研究科在学生のコラムです。日頃の学生生活の中で感じたことや考えたことなど,さまざまな話題をお届けします。

生物学 X 情報学

写真:水野 暁さん

生命人間情報科学専攻
バイオインフォマティクス講座
情報生物学研究室 修士課程2年
吉田 裕
(千葉県出身、2014年度入学)

<研究室紹介>
私の研究室では、いわゆる「ウェット」実験を行わず、情報解析手法によって遺伝子機能の予測等を行う研究をしています。研究テーマは、統計解析や機械学習、分子系統解析等々。メンバーそれぞれが興味の持ったテーマに取り組み、日々研究に励んでいます。

また学年問わずメンバー間の仲が良く、教授や准教授からも適宜優しく助言や指導をいただけるので、研究生活を楽しく過ごせています。そして、私たちの研究室の一番のイベントは毎年夏辺りに行われるゼミ合宿です。宿泊施設(温泉・合宿所等)に行き、生物学やバイオインフォマティクスに関する英語で書かれた本の内容をメンバーで分担して3日かけて発表するものです。 日中はメンバー全員でその本について熱い議論を交わし、夜はたくさんの美味しいお酒に囲まれてワイワイします。残り短い大学生活を研究室のメンバーと共に有意義なものにしていきたいです。

<研究概要>
私の研究対象であるGタンパク共役型受容体(GPCR)は、7回細胞膜貫通という特徴的な構造を持つタンパク質で、現在の医薬品の約半数のターゲットとなっています。GPCRはそれぞれの結合分子(リガンド)と特異的に結合し、生理機能の制御を行います。しかしGPCRの中にはリガンドが不明のものも多く存在し、それらはオーファンGPCRと呼ばれています。私はオーファンGPCRの中でも、特にがんと関わっていると報告のあるGPR161を主の研究対象とし、リガンド予測を行いました。

手法としてはまず機械学習により約400種のGPCRの分類を行いリガンドの候補を特定しました。さらに予測された結果に対しては結合状態予測(ドッキングシミュレーション)を行い、結合可能性を検証しました。ドッキングシミュレーションの評価はリガンド結合位置と結合状態の安定性により行い、最終的に結合可能性の最も高いリガンドを特定しました。今回の結果が実験で確認されれば、GPR161はがん治療薬の新たなターゲットとして今後さらなる解析が進められると考えられます。

(2015/07/24)

写真:去年の合宿
写真:去年の合宿

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