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システム情報科学専攻の入学定員は修士課程２７名，博士後期課程８名です．
修士課程への志願者は毎年入学定員を超過しており，入学者数も定員を超えています．また，入学試験は基本的な内容から出題し，多様な学部教育に対応した問題選択制を導入することで，他大学や高専専攻科からも多く入学しています．
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修士課程 |
入学定員 | 志願者数 | 入学者数 | 内：外国人留学生 | 他大学等入学者 |
| 2007.4 | 27 | 36 | 33 | 0 |
室蘭工大(4)，はこだて未来大，東北学院大，弘前大 |
| 2008.4 |
27 |
42 | 36 | 0 |
室蘭工大，旭川高専(2)，函館高専，秋田高専 |
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2009.4 |
27 | 38 | 34 | 0 |
室蘭工大，九州工大，旭川高専，苫小牧高専，バイーア連邦大 |
| 2010.4 | 27 | 38 | 36 | 1 |
北大・水産，室蘭工大，函館高専(2)，大連理工大 |
| 2011.4 | 27 | 39 | 33 | 1 |
室蘭工大(2)，弘前大，北海学園大，函館高専，杭州電子科技大 |
博士後期課程への進学者も近年，増加傾向にあり，入学定員８名を超過する入学者を受け入れています．特に，遠隔教育システム（e-Learning）の科目の充実に伴い，遠隔地で勤務する社会人博士課程学生が増えています．
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博士後期課程 |
入学定員 | 入学者数 | 内：社会人 | 内：外国人留学生 | 入学／定員 率 |
| 2007.4 | 8 | 5 | 3 | 0 |
63% |
| 2008.4 |
8 |
7 | 3 | 1 |
88% |
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2009.4 |
8 | 9 | 1 | 4 |
113% |
| 2010.4 | 8 | 10 | 3 | 0 |
125% |
| 2011.4 | 8 | 14 | 3 | 3 |
175% |
